Les correspondants du réseau Loup réalisent chaque année des suivis sur le terrain au cours desquels ils collectent différents indices traduisant la présence du loup sur le territoire prospecté. Ces indices sont de différentes natures :
 déjections : féces, urine ;
 poils, sang, cadavres (de loups) ;
 empreintes et pistes ;
 observations visuelles ;
 hurlements ;
 restes de proies.

Ces indices permettent de répondre à la question de la présence de l’espèce sur un territoire (présence d’indices = présence d’au moins un loup).

De l’ADN peut également être récupéré sur certaines indices (déjections, poils, sang, cadavres), ce qui permet d’individualiser les animaux ayant laissé ces traces. Ceci permet ensuite d’estimer la taille de la population (effectif CMR) ainsi que de suivre les mouvements des individus.

Les relevés d’empreintes dans la neige fraîche peuvent également permettre d’estimer le nombre minimum de loups présents (effectif EMR). Les loups se déplaçant généralement à la queue leu leu, en utilisant les empreintes laissées par le premier, il est souvent nécessaire de suivre la piste sur une grande distance pour détecter la présence de plusieurs loups lorsque leurs traces s’écartent les unes des autres.

Les restes de proies ou les hurlements ne permettent pas quant à eux de dénombrer les loups mais seulement de détecter leur présence et, pour les hurlements en été, de déterminer éventuellement la reproduction.

- Quoi De Neuf n°10 - p.7 : Description technique du suivi génétique des loups : les différentes étapes de l’analyse des échantillons récoltés
- Quoi De Neuf n°12 - p.5 : Présentation des résultats des premiers tests de hurlements provoqués pendant l’été 2004 pour la mise en évidence de reproduction
- Quoi De Neuf n°15 - p.7 : Comparatif international des études menées sur le hurlement provoqué pour mettre en évidence des épisodes de reproduction
- Quoi De Neuf n°18 - supplément spécial génétique : Méthodologie de prélèvement des indices biologiques (féces, poils, urine, sang) en vue d’analyses génétiques
- Actes du séminaire de restitution du programme LIFE - p.11 : Les indices de présence du loup récoltés par les correspondants du réseau
- Thèse de Nathaniel Valière, 2002 : Amélioration et optimisation des méthodes non-invasives et des marqueurs microsatellites en Biologie des Populations et de la Conservation