L’introduction impérative de moyens de protection a de fortes implications vis-à-vis de la nécessaire souplesse de l’élevage pastoral. De très nombreux diagnostics pastoraux ont été menés depuis l’arrivée du loup. Ils montrent que les mesures de protection rendues nécessaires par la présence du prédateur rigidifient le système pastoral. Le regroupement nocturne affecte l’état des animaux et le bon état de la montagne. Les chiens de protection sont source de tension avec les autres usagers de l’espace. Enfin, le renforcement du gardiennage affecte soit la vie privée de l’éleveur, soit son résultat économique, même s’il peut contribuer à une meilleure gestion de la ressource pastorale.

La protection des troupeaux, aussi nécessaire soit-elle, est souvent en contradiction avec les fondamentaux de la pratique pastorale et l’éleveur est contraint à des compromis toujours imparfaits :
 protéger le troupeau ou laisser manger les brebis : l’usage de parcs de contention nocturne ne permet plus de laisser manger les brebis la nuit et oblige le jour à des pratiques de garde plus interventionnistes qui perturbent l’activité de pâturage des animaux. L’allongement des déplacements imposés aux animaux pour rejoindre le parc de nuit le soir et le quitter le matin tend aussi à augmenter leurs dépenses énergétiques et réduire la durée du pâturage ;
 protéger le troupeau ou assurer le bon état de la montagne : l’abandon de quartiers à risques déséquilibre la gestion de certains territoires pâturés, avec une fermeture des quartiers abandonnés et une dégradation liée au report de pâturage sur les autres quartiers. Par ailleurs, les trajets nécessaires vers les parcs de nuit sont une cause d’érosion. Enfin, la concentration des déjections dans les parcs de nuit pose plus de problèmes environnementaux et sanitaires que leur répartition sur de multiples couchades libres, toujours choisies par les animaux sur un terrain sec, drainant et aéré ;
 protéger le troupeau ou maîtriser la surcharge de travail et maintenir une qualité de vie : assurer le regroupement des animaux en parcs de nuit conduit à une forte augmentation du temps de travail, en particulier sur des territoires où le troupeau est conduit en « lâcher–dirigé », ce qui correspond à un gardiennage quotidien à temps partiel. De plus, ce surcroît de travail est concentré en période chaude à des heures qui empiètent sur la vie familiale (rentrée très tardive le soir pour la mise en parc, départ très tôt en matinée pour la sortie du parc).

Dès lors, diverses stratégies sont mises en œuvre par les éleveurs et les bergers pour gérer ces problèmes :
 privilégier la protection et la concentrer près des cabanes existantes, même au prix d’une érosion accrue ;
 multiplier les parcs de nuit, afin de pouvoir assurer la protection tout en affinant la gestion pastorale, au prix d’un travail accru et d’une absence humaine la nuit, tant que de nouvelles cabanes ne sont pas construites ;
 privilégier le bon état des animaux et de la montagne, en conservant des couchades libres au risque d’une prédation accrue.

Les éleveurs élaborent et ajustent en permanence ces stratégies en fonction du rapport au risque qu’ils perçoivent, des moyens nécessaires et disponibles (travail, équipements), de leur situation propre (l’organisation de leur système de production, la configuration du territoire, la pression de prédation). Par exemple, le parc de nuit est facile à mobiliser en début de saison (circuits courts, herbe abondante) mais très contraignant pour l’état des animaux en plein été. Les bergers peuvent alors délaisser le regroupement nocturne si les attaques baissent, en se montrant toujours prêts à le rétablir à la première alerte.

Ce type de compromis explique que la prédation soit contenue à un niveau plus acceptable mais ne puisse être éradiquée, qu’une érosion supplémentaire soit inévitable mais reste encore limitée, enfin que la dégradation de la ration des animaux ne soit pas plus accentuée. La mise en œuvre d’un schéma rigide et unique de protection des troupeaux qui viserait le "zéro prédation" n’est pas envisageable pour les systèmes pastoraux existants.

Les conséquences de cette rigidification des pratiques pastorales dans les troupeaux protégés ont été étudiées de façon précise par le CERPAM et l’Institut de l’Élevage dans 7 alpages choisis pour l’existence d’un diagnostic pastoral préalable à l’arrivée du loup.

L’impact le plus important est lié à l’obligation de regroupement nocturne qui conduit à des surcharges ou à des fréquentations excessives sur certains secteurs. Au total, 9 % des secteurs sont affectés. L’autre cause de dégradation est, à l’inverse, une forte baisse de chargement sur des secteurs considérés comme dangereux, ou trop excentrés par rapport au parc de nuit. Cet impact concerne 11 % des secteurs. C’est donc au total 20 % des secteurs des sept alpages étudiés qui subissent un impact repérable, allant d’un excès de charge à un abandon partiel ou total.

Les apports d’azote par le troupeau en parc de nuit représentent 130 unités par an sur 20 ha d’alpages pour un troupeau de 1600 ovins et une durée d’estive de 100 jours. L’impact paysager et écologique est certain. Il peut s’accompagner d’une pollution des eaux, les cabanes étant nécessairement proches de points d’eau.

- Actes du séminaire "Loup-élevage : s’ouvrir à la complexité" (p.64 à 76) : Sensibilité d’élevages pastoraux ovins viande à l’arrivée du loup, une approche à l’échelle du système