La Directive Cadre sur l’Eau (directive 2000/60/CE du 23 octobre 2000 du Parlement et du conseil établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau) a fixé comme objectif l’atteinte du bon état écologique des masses d’eau d’ici 2015. Le bon état des eaux de surface est atteint lorsque l’état écologique et l’état chimique de la masse d’eau sont au moins bons (cf. définition dans la circulaire DCE 2005/12).
Afin d’évaluer l’état des masses d’eau, de nouveaux réseaux se sont mis en place :
 le réseau des sites de référence (dont les modalités de constitution et de mise en œuvre sont décrites par la circulaire DCE 2004/08) a démarré en 2005 pour une durée de 3 ans. Il permettra d’établir les conditions de références des masses d’eau. Il est composé sur la région Rhône-Alpes de 58 stations pour les cours d’eau et de 8 plans d’eau.
le réseau de surveillance, dont les modalités de constitution et de mise en œuvre sont décrites par la circulaire DCE 2006/16, a débuté en 2007. Il comprend sur la région Rhône-Alpes 157 stations pour les cours d’eau et 25 plans d’eau. La maîtrise d’ouvrage des réseaux de référence et de surveillance est partagée entre les Agences de l’Eau (Rhône-Méditérrannée et Corse ainsi que Loire-Bretagne), la DIREN Rhône-Alpes et l’ONEMA. Ce dernier assure le suivi piscicole sur les cours d’eau et les plans d’eau. Les autres investigations sont réparties entre les Agences de l’eau et la DIREN Rhône-Alpes. (pour les cours d’eau, les Agences de l’Eau assurent la maîtrise d’ouvrage des investigations physicochimiques et la DIREN Rhône-Alpes la maîtrise d’ouvrage des investigations hydrobiologiques).
Un réseau dit de contrôle opérationnel est en cours d’élaboration et doit être mis en œuvre à partir de 2008. Il concerne les masses d’eau qui risquent de ne pas atteindre le bon état d’ici 2015.
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